Mit der ersten Bundesverfassung von 1848 wurde in der ganzen Eidgenossenschaft die allgemeine Niederlassungsfreiheit eingeführt. Dieser Umstand und die in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts aufkommende Industrialisierung führten dazu, dass viele Katholiken in die protestantischen Mittellandkantone zogen, um dort Arbeit zu suchen. Um auch in der Fremde die katholische Seelsorge sicherzustellen, gründete der Zuger Arzt Melchior Zürcher 1863, basierend auf dem Piusverein (heute Katholischer Volksverein), die Inländische Mission.
Da die katholische Kirche in den protestantischen Kantonen (das galt auch umgekehrt) nicht anerkannt war und keine Kirchensteuern erheben konnte, musste das Geld für die "Missionsarbeit im Inland" durch Sammlungen aufgebracht werden. Auf diese Weise unterstütze die IM den Bau von Kirchen und die Gründung von Pfarreien.
Mit der Anerkennung der katholischen Kirche in den meisten Kantonen verlagerte sich die Arbeit der IM ab 1963 auf die Berg- und Randgebiete. Neue Seelsorgeaufgaben kamen zudem in den Agglomerationen hinzu.
